দেশের উচ্চশিক্ষা প্রতিষ্ঠানগুলোর সর্বোচ্চ প্রশাসনিক পদ অর্থাৎ উপাচার্য বা ভিসি নিয়োগ নিয়ে বিতর্ক ও সমালোচনা থামছেই না। শিক্ষা ও গবেষণার মানোন্নয়ন, একাডেমিক পরিবেশ নিশ্চিতকরণ এবং বিশ্ববিদ্যালয়ের দীর্ঘমেয়াদি পরিকল্পনা বাস্তবায়নে ভিসির ভূমিকা অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ হলেও, বাস্তবে এই পদটিতে নিয়োগের ক্ষেত্রে বারবার প্রশ্ন উঠছে যোগ্যতা ও আইন মানার বিষয়টি নিয়ে। দায়িত্ব নেওয়ার পর দেশের বিভিন্ন পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয়ে ভিসি নিয়োগ দেওয়া হলেও এর বড় একটি অংশ জুড়েই রয়েছে রাজনৈতিক পরিচয়, ব্যক্তিগত পছন্দ, দলীয় ঘনিষ্ঠতা এবং তদবিরের অভিযোগ। এমনকি কোথাও কোথাও নিয়োগের অল্প সময়ের মধ্যে প্রজ্ঞাপন বাতিল কিংবা দায়িত্ব নেওয়ার কয়েকমাসের মধ্যেই ভিসিকে অপসারণের মতো অনভিপ্রেত ঘটনাও ঘটছে।

শিক্ষা মন্ত্রণালয় ও সংশ্লিষ্ট বিভিন্ন সূত্রে জানা গেছে, বিজ্ঞান ও তথ্যপ্রযুক্তির মতো বিশেষায়িত বিশ্ববিদ্যালয়গুলোতেও আইন ও নির্ধারিত যোগ্যতা উপেক্ষা করে পছন্দের প্রার্থীকে বসানোর অভিযোগ রয়েছে। বড় বড় বিশ্ববিদ্যালয়ের ক্ষেত্রেও মেধা, গবেষণা ও প্রশাসনিক দক্ষতার চেয়ে রাজনৈতিক আনুগত্যকে বেশি প্রাধান্য দেওয়া হয়েছে। সাম্প্রতিক সময়ে নিয়োগ পাওয়া ভিসিদের একটি বড় অংশে রাজনৈতিক প্রভাবের বিষয়টি প্রকাশ্যে এসেছে। বিশেষ করে গোপালগঞ্জ বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য হিসেবে দায়িত্ব পালনকালে রাজনৈতিক দলের শীর্ষ নেতাদের আনুষ্ঠানিকভাবে অভিনন্দন জানানোর ঘটনা তার নিরপেক্ষতা নিয়ে বড় ধরনের প্রশ্ন তুলেছে। শিক্ষাবিদ ও বিশেষজ্ঞদের মতে, উপাচার্য নিয়োগে এমন রাজনৈতিক পক্ষপাতিত্ব বিশ্ববিদ্যালয়ের একাডেমিক পরিবেশ ও নিরপেক্ষতাকে দারুণভাবে ক্ষুণ্ণ করে।

এই নিয়োগ প্রক্রিয়ার স্বচ্ছতা নিয়ে প্রশ্ন তুলে ইউজিসির সাবেক চেয়ারম্যান অধ্যাপক ড. এসএমএ ফায়েজ মনে করেন, উপাচার্য পদে মেধা ও যোগ্যতাকে সর্বোচ্চ গুরুত্ব দেওয়া উচিত এবং যারা তদবির করেন বা নিজ থেকে আগ্রহ প্রকাশ করেন, তাদের শুরুতেই বাদ দেওয়া বাঞ্ছনীয়। পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয়ে যোগ্য প্রার্থী বাছাইয়ের জন্য সার্চ কমিটি গঠিত হলেও এর কার্যকারিতা ও মূল্যায়ন প্রক্রিয়া নিয়ে নানা মহলে প্রশ্ন রয়েছে। বিশ্ববিদ্যালয়ের মতো সর্বোচ্চ বিদ্যাপীঠের অভিভাবক পদে রাজনৈতিক পরিচয় বা ব্যক্তিগত সম্পর্কের ঊর্ধ্বে উঠে সততা, গবেষণা, প্রশাসনিক দক্ষতা এবং একাডেমিক নেতৃত্বকে প্রধান মানদণ্ড হিসেবে বিবেচনা করা না হলে ক্যাম্পাসে অনিয়ম ও অব্যবস্থাপনার সংস্কৃতি ফিরে আসার আশঙ্কা থেকেই যায়।