দেশের উচ্চশিক্ষা প্রতিষ্ঠানগুলোতে উপাচার্য (ভিসি) নিয়োগ প্রক্রিয়া এবং এর স্বচ্ছতা নিয়ে বিতর্ক ও সমালোচনা যেন থামছেই না। শিক্ষা ও গবেষণার মানোন্নয়ন, একাডেমিক পরিবেশ নিশ্চিতকরণ এবং বিশ্ববিদ্যালয়ের দীর্ঘমেয়াদি পরিকল্পনা বাস্তবায়নে ভিসির ভূমিকা অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ হলেও, বারবার আইন ও নির্ধারিত যোগ্যতা উপেক্ষা করে নিয়োগ দেওয়ার অভিযোগ উঠছে। বর্তমান সরকার দায়িত্ব নেওয়ার পর দেশের ৫৭টি পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয়ের মধ্যে প্রায় ৩০টিতে উপাচার্য নিয়োগ দেওয়া হয়েছে। তবে এসব নিয়োগের ক্ষেত্রে রাজনৈতিক পরিচয়, দলীয় ঘনিষ্ঠতা, ব্যক্তিগত পছন্দ এবং তদবিরের মতো বিষয়গুলোকে প্রাধান্য দেওয়ার অভিযোগ তুলছেন সংশ্লিষ্টরা। কোনো কোনো ক্ষেত্রে নিয়োগের অল্প সময়ের মধ্যে প্রজ্ঞাপন বাতিল বা দায়িত্ব নেওয়ার কয়েক মাসের মধ্যেই ভিসিকে অপসারণের মতো অপ্রত্যাশিত ঘটনাও ঘটেছে।

বিশেষ করে বিজ্ঞান ও প্রযুক্তিভিত্তিক বিশ্ববিদ্যালয়গুলোর ক্ষেত্রে সংশ্লিষ্ট আইন ও সুনির্দিষ্ট যোগ্যতার শর্ত মানা হচ্ছে না বলে জোরালো অভিযোগ রয়েছে। উদাহরণস্বরূপ, গাজীপুরের ইউনিভার্সিটি অব ফ্রন্টিয়ার টেকনোলজি বাংলাদেশের (ইউএফটিবি) ভিসি হিসেবে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের মার্কেটিং বিভাগের একজন অধ্যাপককে নিয়োগ দেওয়া হয়েছে, অথচ ওই বিশ্ববিদ্যালয়ের আইনে তথ্য ও প্রযুক্তিতে খ্যাতিসম্পন্ন এবং প্রশাসনিক অভিজ্ঞতাসম্পন্ন ব্যক্তিকে ভিসি করার বিধান রয়েছে। একইভাবে সুনামগঞ্জ বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়, নোয়াখালী বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয় (নোবিপ্রবি) এবং মাওলানা ভাসানী বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়েও সংশ্লিষ্ট বিষয়ের বাইরে ভিন্ন বিভাগের শিক্ষকদের ভিসি হিসেবে নিয়োগ দেওয়ার অভিযোগ উঠেছে। অন্যদিকে, কিছু বিশ্ববিদ্যালয়ে আইনের বাধ্যবাধকতা না থাকায় ব্যবসা প্রশাসন কিংবা মানবিক বিভাগের শিক্ষকদের বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়ের সর্বোচ্চ পদে বসানো হয়েছে, যা নিয়ে বিশেষজ্ঞ মহলে তীব্র প্রশ্ন তৈরি হয়েছে।

বিশেষজ্ঞদের মতে, বিজ্ঞান ও প্রযুক্তিভিত্তিক বা বিশেষায়িত বিশ্ববিদ্যালয়গুলোতে অসংশ্লিষ্ট বা ভিন্ন বিভাগের শিক্ষককে উপাচার্য হিসেবে দায়িত্ব দিলে তা প্রতিষ্ঠানের একাডেমিক কার্যক্রম, গবেষণার পরিবেশ এবং সামগ্রিক শিক্ষা ব্যবস্থাকে মারাত্মকভাবে ব্যাহত করতে পারে। ভিসি পদের মতো গুরুত্বপূর্ণ স্থানে রাজনৈতিক পরিচয়ের ঊর্ধ্বে গিয়ে একাডেমিক যোগ্যতা, গবেষণা দক্ষতা ও নেতৃত্বকে প্রাধান্য দেওয়া আবশ্যক। একই সঙ্গে সংশ্লিষ্ট বিশ্ববিদ্যালয়ের নিজস্ব আইন ও নিয়োগবিধি কঠোরভাবে অনুসরণ না করলে এই শীর্ষ পদ নিয়ে বিতর্ক ভবিষ্যতেও অব্যাহত থাকবে বলে মনে করছেন শিক্ষাসংশ্লিষ্টরা।